RESEARCH AGENDA

科研
方向

以生物学问题定义计算任务,以可验证性约束模型创新。AI4SC 的研究议程连接表征、整合、干预与转录本机制,关注能够跨数据、跨实验与跨情境成立的方法。

02 / RESEARCH
单细胞基础模型概念图
01 / FOUNDATION MODELS

单细胞基础模型

研究如何从大规模、多来源的单细胞数据中学习可迁移的细胞表征,同时避免把批次、平台或标注偏差误认为生物学规律。

核心问题细胞状态、语境与层级如何被统一表达
方法边界预训练、迁移学习、可解释性、可靠性评价
多模态与空间智能概念图
02 / MULTIMODAL & SPATIAL

多模态与空间智能

联合理解转录、表观、蛋白与空间信息,在保留组织结构和测量不确定性的前提下重建细胞关系与微环境。

核心问题不同模态如何形成一致而不失真的生物学表征
方法边界跨模态对齐、空间建模、图学习、缺失模态推断
扰动与因果发现概念图
03 / PERTURBATION & CAUSALITY

扰动与因果发现

从观测与扰动数据中学习细胞状态转变,区分相关性与可干预机制,让预测能够被设计成后续实验。

核心问题哪些调控关系能够解释并预测状态变化
方法边界扰动建模、反事实推断、轨迹与动态系统
长读长与异构体智能概念图
04 / LONG-READ & ISOFORMS

长读长与异构体智能

利用长读长单细胞数据解析全长转录本、剪接与异构体调控,将基因层面的平均信号推进到更精细的分子机制。

核心问题异构体变化如何关联细胞身份、状态与功能
方法边界转录本定量、结构解析、功能预测、跨平台整合

贯穿所有方向的研究标准

  • 生物学有效

    评价不止看算法指标,还要检验结论是否符合实验设计、已知机制与独立证据。

  • 可泛化

    明确模型在数据集、物种、组织、疾病情境和技术平台之间能够迁移到何种程度。

  • 可解释

    把预测转化为能够被研究者理解、比较与验证的假设,同时报告不确定性与失败边界。

  • 可重复

    维护清晰的数据来源、版本、代码、参数与评价协议,使结果能够被独立复核。

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